आयोग का कार्य तीन स्कंधों अर्थात अभिकल्प एवं अनुसंधान स्कंध, नदी प्रबंधन स्कंध और जल आयोजना एवं परियोजना में बांटा गया है।
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इस योजना के तहत नदी प्रबंधन, बाढ़ नियंत्रण, मिट्टी के कटाव को रोकने, नाली विकास आदि कार्य किए जाएंगे।
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पूरे भूभाग के बरसाती पानी को और उसके साथ बहकर आने वाली साद को ढोकर समुद्र तक पहुंचाना भी उनका अहम काम है, जिसे नदी प्रबंधन के समय भुला दिया जाता है।
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5. वर्तमान में NGRBA के अधिदेष में “ निर्मल और अविरल धारा का मुद्दा शामिल नहीं है, यह केवल गंगा नदी प्रबंधन और प्रदूषण मुक्त करने की बात करता है।
6.
नदी प्रबंधन के नाम पर जहां तक बांध बनाने बैराज खड़े करने, पुश्ते बांधने और सिंचाई के लिए नहरें निकालने की बात है, भारत, पाकिस्तान और चीन की कोई सानी नहीं है।
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इसके तहत ग्यारहवीं पंचवर्षीय योजना में बाढ़ रोकने के प्रयासों, नदी प्रबंधन, नालियों के विकास, बाढ़रोधी तथा सामुद्रिक अपरदन से सुरक्षा प्रदान करने वाले कामों के लिए केंद्र सरकार सहायता दी जाती है।
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कोसी नदी की प्रलयंकारी बाढ़ के बाद भारतीय योजना आयोग के उपाध्यक्ष मोंटेक सिंह अहलुवालिया ने कहा था, बाढ़ सुरक्षा के लिए नदी प्रबंधन के काम को प्राथमिकता देने के सिवा हमारे पास कोई चारा नहीं है।
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हाल ही में चीन और पाकिस्तान की भयंकर बाढ़ ने भी विशाल भूभागों को जलमग्न और लाखों लोगों को बेघर करते हुए यह सिद्ध कर दिया है कि नदी प्रबंधन के बिना विकास की बात तो दूर, लोगों के जानमाल की सुरक्षा भी संभव नहीं है।
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बंग्लादेश के जल संसाधन मंत्री रमेश सेन ने शनिवार को नदी प्रबंधन पर विशेषज्ञों की परिचर्चा में कहा कि एक मित्रा देश के नाते बांग्लादेश भारत पर भरोसा करता है, किंतु यदि नई दिल्ली उसकी अनदेखी करती है तो हम अपने अस्तित्व की रक्षा के लिए अंतरराष्ट्रीय न्यायालय जाएंगे।